El Parque Nacional del Manu fue creado el 29 de mayo de 1973. Luego, es declarado por la UNESCO como Reserva de Biósfera en 1977 y como Patrimonio Natural de la Humanidad en 1987.

En el Parque, existen testimonios de antiguas culturas como los petroglifos de Pusharo, un conjunto de grabados de los que no se ha podido descifrar ni su origen ni su significado. Dichos grabados se ubicaron en la margen derecha del río Shinikibenia; otros petroglifos se encuentran en el río Q’eros, sobre el gran peñasco «Xinkiori», legendario para los huachipaeris.

La zona del Manu fue conquistada por el Inca Pachacútec y Túpac Yupanqui como parte de su imperio. Más adelante, con la llegada de los españoles, se fundó el pueblo de Paucartambo, donde establecieron haciendas y encomiendas, incluso el rey Carlos III de España mandó construir un puente para facilitar el comercio de productos como la coca, maíz, algodón, madera, entre otros.

En 1567, el español Juan Álvarez Maldonado emprendió una expedición hasta lo que hoy es Pilcopata. El mismo año, Manuel Escobar montó una segunda expedición por el río Madre de Dios hasta el río Manu.

El Parque Nacional del Manu está ubicado en el sudeste de Perú, entre los departamentos de Cusco y Puerto Maldonado, en las provincias de Paucartambo y Manu.

Tiene una extensión total de 1 716 295,22 hectáreas que se dividen en tres grandes zonas:

El Parque Nacional, con 1 532 806 ha, dedicado únicamente a la conservación y donde solo se permite el ingreso para investigación biológica y antropológica, limitadas a la observación de la vida y sus procesos de forma natural. Está prohibida la manipulación de cualquier tipo en la zona, incluso se conoce que existen tribus no contactadas en dicho territorio. El lugar es intangible y para visitarlo es necesario tener una autorización especial.

La Zona Reservada, con 257 000 ha, está ubicada en la parte baja del río Manu. En esta zona, están permitidas las visitas turísticas (organizadas por agencias autorizadas) y la investigación con mínima manipulación. Es posible observar la naturaleza que nos muestra su flora y fauna en vida salvaje.

La Zona de Transición o Cultural, con 120 000 ha, está conformada por la ribera del río Madre de Dios y los territorios altoandinos que bordean la parte sur de la reserva, entre la línea divisora del Parque Nacional y el río Mapacho. En esta zona, radican poblaciones de colonos que desarrollaron la agricultura, ganadería y actividades forestales. Cuentan con servicios básicos de salud, educación y desarrollo.

El Parque Nacional del Manu es pura naturaleza. En los viajes, que son organizados, se realizan caminatas por la selva, paseos en bote, avistamiento de aves, mamíferos, reptiles e insectos. Además, existen algunas tribus que realizan trabajos de artesanías y nos muestran un poco de su cultura. La experiencia de vivir rodeado de naturaleza pura es única.

En la cuenca baja del río Manu, se puede apreciar la exuberancia de la llanura amazónica. Se ha destinado cinco zonas para la visita, en las que se concentra una alta diversidad de flora y fauna silvestre, estas son: Salvador, Otorongo, Juárez (estos tres son cochas), Pakitza y Limonal.

En estas zonas, existe una gran variedad de circuitos y senderos para apreciar la belleza de la selva tropical. Destacan, también, los lagos en forma de herradura o cochas en las que es posible observar especies que en otros ecosistemas han desaparecido, como el lobo de río y el lagarto negro.

Otro atractivo son los bosques en ambas márgenes del río Manu, en los que no solo es posible observar gran variedad de flora, sino numerosa fauna asociada. Un hito de atracción son las colpas, a las que acuden numerosas especies de fauna. Los aguajales también posibilitan la concentración de fauna típica, como los guacamayos.

El Parque Nacional del Manu alberga una gran cantidad de especies de fauna silvestre. Se han registrado cerca de 160 especies de mamíferos, más de 1 000 especies de aves (en su mayoría residentes), alrededor de 140 especies de anfibios, 50 especies de serpientes, 40 de lagartijas, 6 de tortugas, 3 de caimanes y 210 de peces.

Entre los mamíferos grandes destaca el otorongo (Panthera onca), el tigre negro (Felis yagouaroundi), la sachavaca (Tapirus terrestris), la huangana (Tayassu pecari), el sajino (Tayassu tajacu), el venado (Mazama americana), el venado cenizo (Odocoileus virginianus), el lobo de río (Pteronura brasiliensis), el ronsoco (Hydrochoerus hydrochaeris), el coto mono (Alouatta seniculus), el maquisapa negro (Ateles paniscus), mono choro (Lagothrix lagotricha), el mono machín blanco (Cebus albifrons) y el mono machín negro (Cebus apella).

El número de insectos en el parque es muy alto. Se calcula que existen cerca de 30 millones de especies. A su vez, se han registrado más de 1 300 especies de mariposas, 136 de libélulas, al menos 300 de hormigas (en un solo árbol se encontraron más de 40 especies) y más de 650 de escarabajos.

En lo que respecta a la flora del Parque Nacional del Manu, el número de especies vegetales es muy elevado. Los diversos registros indican que, existen, por lo menos, 162 familias, 1 191 géneros y 4 385 especies identificadas. En una sola hectárea se llegaron a encontrar hasta 250 variedades de árboles. Los bosques de aguajales son uno de los ecosistemas más resaltantes, donde las palmeras de aguaje (Mauritia flexuosa) y de huasaí (Euterpe precatoria) son las dominantes. Se desarrollan sobre áreas inundadas casi permanentemente, especialmente en la margen derecha del río Manu.

También destaca la presencia del cedro (Cedrela sp.), del cético (Cecropia sp.), del tornillo (Cedrelinga catenaeformis), de la castaña (Bertholletia excelsa), de la lupuna (Chorisia sp.) y del jebe (Hevea brasiliensis).

Las condiciones climáticas del PNM son altamente variables. El clima es muy lluvioso generalmente y las precipitaciones varían según la altitud. En la zona sur (que es la más alta) se registran de 1 500 a 2 000 mm anuales. En el sector medio, se incrementa de 3 000 a 3 500 mm. El registro más alto se alcanza en el sector noroeste con más de 8 000 mm.

En la época seca, de mayo a setiembre, las precipitaciones disminuyen y la temperatura desciende. El régimen térmico también es muy variable, ya que la zona amazónica es cálida, con una temperatura media anual de 25,6° C, y la zona andina es fría, con una temperatura media anual de 8° C.